民國51年(1962)本會前董事兼幹事長胡適之先生逝世，為紀念這位偉大之學者，其友人曾捐款於他曾求學之康乃爾和哥倫比亞大學設置研究生獎學金。國內也有人作種種提議，希望在國內亦有適當之紀念辦法。恰好長科會發現本會於當時所津貼之研究講座經費仍有餘款，便建議本會將此餘款設置中國文學、中國史學和中國哲學三個講座。原本本會於第32次年會(1962/9/14)中曾決議：「胡適博士生前對本會工作貢獻甚大，茲為表示本會深刻感激及頌揚起見，特決議恢復本會從前自設之研究教授講席，作為胡適紀念講座。授權代理幹事長與在台董事商訂計劃並向本會報告。」
國家科學委員會既有上項提議，經過本會執行委員會研究，即在民國52年(1963)5月22日第160次執行委員會決議通過，以前述之美金25,625元餘款用於此事。於民國54年(1965)開始交由國家科學委員會辦理，設立胡適紀念講座基金，以該基金之孳息，設置中國文學、中國史學和中國哲學三個講座。但因經費不足設立三個講座，暫先分別在台灣大學中文系設立中國文學講座及在中央研究院歷史語言研究所設立中國史學之講座各一名，聘請國立台灣大學毛子水教授和中央研究院歷史語言研究所主任李濟教授擔任。中國哲學之講座則因無法覓得適當人選，最後無法設立成功。後來由於長科會曾一度略微提高研究講座的待遇，經費不足，本會曾另在結餘經費項下增加補助台幣二十萬元，連前次的補助合計台幣一百二十萬元。
本會對中央研究院歷史語言研究所過去在大陸時期曾有長期之補助，該所發掘安陽殷代故墟即係在本會補助下進行，該所前研究員現主任李濟先生其時亦曾長期擔任本會之研究教授。近年在台，該所除國家預算經費以外亦接受各方津貼，如羅氏基金會之津貼，恢復工作，成績卓著。本會自民國53年(1964)起補助其中國古代史之編纂計劃，該所又向本會申請設立研究教授講座兩席，每席每年在教授本薪之外津貼研究費及參考材料費用。本會民國54年(1965)第34次年會中同意自民國55年(1966)起開始辦理此項業務，由該所人類學家楊希枚及甲骨文字學家張秉權兩教授擔任。
民國38年(1949)大陸淪陷之際，中央研究院所屬各研究所當中，僅歷史語言研究所全部設備和人員撤退來台。但因一時無法安頓，所有圖書設備和研究材料，包括殷墟發掘之無價寶藏在內，均裝箱寄存在楊梅車站破舊倉庫之內；甚至一部分人員和眷屬也棲守倉庫之廠房，工作自然無法開展。後來中央研究院在南港覓得新址開始購地，但是建築房屋之經費，依然無著。民國41年(1952)恰巧羅氏基金會願意捐助歷史語言研究所美金一萬元為該所房屋建築費用，但是附帶條件是本會同樣補助五千元，而我國政府亦須撥付適當數額之款項。本會同意照辦，後來政府亦提出更多之經費，使南港新址最先部分之房屋得以完成。
史語所恢復工作以後，繼續刊印殷墟發掘報告，本會又先後數次同意資助美金七千五百元為印刷費。
對史語所另一項較大之專案補助是編撰整個系統之中國通史計劃，先從古代史開始，本會同意分四年進行，每年補助美金一萬五千元。前三年之補助已全部付清，最後一年之補助，則因工作發生延遲，依據該所之要求，暫為保留，直至民國66年(1977)始撥付予該所。
此館為附屬於中央研究院之永久紀念性組織，其主要基金來源是得自美國斯泰爾基金之補助。近年印刷胡適博士遺留之手稿，缺乏經費，本會曾在節餘經費項下，撥付美金二千五百元，加以補助。本會對中央研究院歷史語言研究所過去在大陸時期曾有長期之補助，該所發掘安陽殷代故墟即係在本會補助下進行，該所前研究員現主任李濟先生其時亦曾長期擔任本會之研究教授。近年在台，該所除國家預算經費以外亦接受各方津貼，如羅氏基金會之津貼，恢復工作，成績卓著。本會自民國53年(1964)起補助其中國古代史之編纂計劃，該所又向本會申請設立研究教授講座兩席，每席每年在教授本薪之外津貼研究費及參考材料費用。本會民國54年(1965)第34次年會中同意自民國55年(1966)起開始辦理此項業務，由該所人類學家楊希枚及甲骨文字學家張秉權兩教授擔任。
該所亦係中央研究院在台最早恢復之各研究所之一，所長李先聞博士早年曾獲本會補助。該所在李博士領導之下，成績斐然可觀，尤其關於甘蔗及稻米品種之研究，對於台灣農業之發展，頗有貢獻。本會自民國56年(1967)起，動用靜生生物調查所基金之收入，儘量給予補助。迄民國59年(1970)為止，已補助美金八千元。這項代管基金收益之動用，也同樣是經過法律顧問研究，認為與法律並無牴觸。靜生生物調查所基金為本會永久保管之基金之一，其收入僅補助該所至今。
「胡適紀念講座」成立後，其運作、遴選講座教授及經費管理等一切業務，概由國家科學委員會全權辦理，本會向不過問。民國61年(1972)時，因該講座經費不足，在國家科學委員會要求下，本會特別撥付美金五千元補助該講座。後於民國72年(1983)時，因該講座經費之孳息已無法維持該講座於一定水準，本會遂於是年召開之會議中決議，同意自該年起津貼該講座部分費用，並且逐年增加對該講座之補助。民國88年(1999)時又因該講座經費拮据，已無法繼續運作，國家科學委員會遂要求本會收回此講座之業務，改由本會繼續辦理。本會於當年召開之董事會中決議通過，同意由本會收回並繼續辦理此項業務，並委請國立台灣大學及中央研究院各自成立評審委員會，每年遴選講座教授各一人，俟人選選出後，本會即撥付講座教授經費計美金三萬元予此二單位代為發放。至民國95年(2006)止共補助講座教授美金四十五萬二千元整。
民國93年(2004)時，應本會之要求，國立台灣大學與中央研究院分別於民國93年及94年間(2004及2005)，修正講座教授遴選辦法，擴大辦理以提高該講座教授之水準，本會並特別撥付美金五千元作為將來出版「胡適紀念講座論文集」時之印刷費用。
由於該「講座教授」自民國54年(1965)設立後，本會並未參與其業務，因此設立於國立台灣大學之初期講座教授人選資料無從取得，目前本會所存有該校之講座教授名單，乃是自民國72年(1983)時本會開始給予部分補助後而取得。至於設立於中央研究院之歷任講座教授人選資料，則十分完整。此二單位歷任講座教授名單如下：
| 李 濟 | 高去尋 | 石璋如 | 邢義田 |
| 王明珂 | 劉淑芬 | 李建民 | 蒲慕州 |
| 金祥恆 | 張 敬 | 廖蔚卿 | 裴溥言 |
| 葉慶炳 | 張 亨 | 林文月 | 羅聯添 |
| 何佑森 | 周富美 | 曾永義 | 許進雄 |
| 王國櫻 | 張漢良 | 梁庚堯 | 黃宣範 |
| 高明士 | 林麗真 | 黃俊傑 | 彭鏡禧 |
| 楊秀芳 | 謝明良 |
本會自民國55年(1966)起應中央研究院歷史語言研究所之要求，於該所設立「中基會研究講座」兩席，每席講座教授每年津貼研究費及參考材料費，直至民國92年(2003)才終止此項計劃。自民國55年至92年(1966-2003)止，共補助美金三十五萬八千元整。歷年來曾經擔任過該講座教授之名單如下：
| 楊希枚 | 屈萬里 | 張光直 | 張秉權 |
| 高去尋 | 芮逸夫 | 陳 槃 | 李孝定 |
| 龍宇純 | 石璋如 | 黃彰健 | 陳慶隆 |
| 管東貴 | 李壬癸 | 杜正勝 | 張以仁 |
| 何大安 | 龔煌城 | 張偉仁 | 莊申慶 |
| 黃寬重 | 臧振華 | 邢義田 | 鍾柏生 |
| 顏娟英 | 黃應貴 | 陳永發 | 蒲慕州 |
| 王明珂 | 陳弱水 |
本會自民國64年(1975)起開始補助該單位，補助款項用於津貼該所學術研究與出版刊物之用。民國92年(2003)時，認為政府給予該所之經費已十分充裕，本會遂決議自民國94年(2005)起停止此項補助。期間共補助該所美金二十二萬八千八百元整。
中央研究院近代史研究所-最近兩百年中國史計劃
中央研究院歷史語言研究所-中國古代史計劃
中央研究院分子生物研究所-X-ray Crystallography 研究計劃
中央研究院生物醫藥科學研究所-癌症訓練計劃
中央研究院植物研究所生物研究中心-Recombinant DNA研究計劃
名單如下：
中央研究院經濟研究所
中央研究院數學研究所-邀請Marston Morse教授來台講習
中央研究院植物研究所-郭宗德教授出國進修費用
中央研究院動物研究所-邀請Jeffrey P. Chang教授來台講習
中央研究院美國文化研究所- Conference on American Literature and Thoughts、Seminar on Sino-American Relations